Svetlana Kalinkina,добрый день.
Давайте расскажу немного подробнее:
1) При удалении модуля есть галочка "Сохранять таблицы". Чтобы снести все что, что Вам не нужно и должно быть удалено, то рекомендую поставить модуль и удалить его без сохранения таблиц.
2) Наличие данных таблиц никак не влияет на общую производительность (* почти, вообще влияет, но в Вашем случае скорее не существенно). Например, если у Вас тормозит CIblockElement::getList то нужно смотреть почему он тормозит, а не как убрать лишние таблицы.
Пример: у Вас был каталог товаров в нем было 100 тысяч элементов, был установлен модуль каталог и в нем все элементы были зарегистрированы как товары, соответственно 100 тыс в b_iblock_element и b_catalog_product. Потом модуль удалили а таблицы нет. Сейчас товаров 1 милион и все тормозит.
Смотрите где и что конкретно тормозит, возможно там где нужны только названия и ID вы получаете все поля, или делаете запросы в цикле.
