Ну вот я сильно сомневаюсь, что программист будет работать под будущую прибыль: вы владелец ресурса (предположим, зарабатывающего деньги), программист - наемник, исполняющий задания за оплату. Оплата, обычно, либо фиксированная сумма в месяц, либо почасовая. Процент дохода тут не годится - он же не совладелец или бизнес-партнер, когда и прибыли и убытки несут в соответствии с договоренностью. Программист продал вам свое время на разработку/сопровождение - он наемник, его мало интересует ваш доход, пусть хоть миллион будет. Но также его не интересуют и убытки. Пусть хоть тот же миллион.
Правильно говорят, как договоритесь, но это для вас же в первую очередь и не выгодно работать за проценты - не сможете спрогнозировать свои расходы на сайт.
Я бы на вашем месте договаривался о фиксированной сумме - скажем поддержка сайта, в месяц 10 часов, час 300-500 рублей.
Доработки - так же почасовка.
Тогда и программист будет доволен, что точно знает, за что работает и вы можете планировать свои расходы, не зависимо от доходов.