Игорь Горгуль, Вы о пункте 3. Configure MySQL servers -> 2. Change password for mysql user root?
Задавал, проблема остается. Смотрел также файл /root/.my.cnf, в нем пароль меняется, правда хранится в открытом виде, не знаю должно так быть или нет.
Самое интересное, что случилось это не сразу. Я успел создать 3 доп. сайта. В одном лежит Битриксовый проект, в двух других - нет.
Некоторое время не притрагивался к серверу. Сегодня понадобилось развернуть еще один проект, но уже не смог.
В какой промежуток возникла ошибка сложно сказать, но конфиги mysql не трогал, конфиги vmbitrix тоже. Единственное что делал, это открыл порт 3306 для удаленного подключения.
Из установленного на сервере git, vsftpd, htop