Вообще говоря, ничего не мешает писать свой php код, который работает со своими таблицами и при этом выполняет прямые запросы в базу. Только при этом теряются преимущества платформы.
Рекомендую обратить внимание не на отзывы типа "ой, какие тут страшные запросы", а на тысячи работающих проектов со сложной структурой данных ([url]http://www.1c-bitrix.ru/products/cms/projects/#tab-projects-link[/url]).
При этом нужно понимать такую вещь: число свойств и запросы, формирующиеся для их получения, зависит от выбранной архитектуры инфоблоков и построения АПИ вызовов. Если взять конкретный пример по вашей ссылке, то проблема с подключением справочных таблиц легко решается простым изменением в вызове символьного кода на ID свойства.
Поэтому успех проекта будет во многом зависеть от опыта выбранного разработчика. ТЗ в этом смысле вас не защитит.
И не стоит забывать о таких вещах, как стабильность, безопасность и инструменты отладки.