Add

Связь в примере потеряна!

По описанию мы получаем подтверждённый номер телефона для пользователя с идентификатором равным 1.
Далее в случае, если мы находим, извлекаем всего одну запись с телефоном пользователя и сохраняем в переменную $PHONE_NUMBER,
если мы хотим добавить пользователя с этим телефоном, надо добавление в этом же условии делать и в массив $arFields c ключом "PHONE_NUMBER" должны передавать
переменную $PHONE_NUMBER, либо же прям $item['PHONE_NUMBER'].

У вас в примере добавление происходит в ней условий и в массив $arFields с ключом "PHONE_NUMBER" вы передаёте переменную $phone, не особо понятно откуда она взялась и зачем тогда выше
получали телефон, будьте внимательнее.

// выборка пользователя с подтвержденным номером
// Поле: "PHONE_NUMBER" Номер телефона для регистрации
// Получить НОМЕР ТЕЛЕФОНА
$userId = 1; // ID пользователя
$PhoneAuthTable = \Bitrix\Main\UserPhoneAuthTable::getList($parameters = array(
  'filter' => array('USER_ID' => $userId) // выборка пользователя с подтвержденным номером
));
if($item = $PhoneAuthTable->fetch()) {
  $PHONE_NUMBER = $item['PHONE_NUMBER'];

 $name = 'имя';
 $login = 'login_user';
 $email = 'user@mail.ru';

  // Добавить Пользователя с НОМЕРОМ телефона для Авторизации
 $user     = new CUser;
 $arFields = array(
    "NAME" => $name,
    "LOGIN" => $login,
    "EMAIL" => $email,
    "PHONE_NUMBER" => $PHONE_NUMBER , // Номер телефона
    "LID" => "s1",
    "ACTIVE" => "Y",
    "PASSWORD" => 'pass@word',
    "CONFIRM_PASSWORD" => 'pass@word',
    "GROUP_ID" => array(1, 2)
 );
 $new_user_id = $user->Add($arFields);
}